Secara rasa maupun praktek prilaku yang humanis, pengaruh para kiai yang mendidik dan membimbingnya, mempunyai andil besar dalam membentuk pemikiran Gus Dur. Misalnya, Kiai Fatah dari Tambak Beras, Kiai Ali Ma’shum dari Krapyak, dan Kiai Chudhori dari Tegalrejo, telah membuat pribadi Gus Dur menjadi orang yang sangat peka pada sentuhan-sentuhan kemanusiaan.
Tak hanya itu, dari segi kultural, Gus Dur melintasi tiga model lapisan budaya. Pertama, Gus Dur bersentuhan dengan kultur dunia pesantren yang sangat hierarkis, tertutup, dan penuh dengan etika yang serba formal. Kedua, dunia Timur yang terbuka dan keras. Ketiga, budaya Barat yang liberal, rasioal dan sekuler. Semuanya tampak masuk dalam pribadi dan membetuk sinergi.
Inilah sebabnya mengapa Gus Dur selalu kelihatan dinamis dan sulit dipahami. Kebebasannya dalam berpikir dan luasnya cakrawala pemikiran yang dimilikinya, melampaui batas-batas tradisionalisme yang dipegangi komunitasnya sendiri.
Lalu bagaimana dengan pemikiran Gus Dur?
Kita tahu bahwa, Gus Dur adalah seorang intelektual yang mewakili perpaduan dua tradisi sekaligus: Kesarjanaan Islam tradisional dan pendidikan Barat modern. Dengan ini, kita bisa membaca bahwa, corak utama pemikiran Gus Dur lebih menekankan pada pendekatan kontekstual dari pada tekstual, serta mencoba memadukan pemikiran khazanah pemikiran Islam trasdisional dan kenyataan yang ada dalam masyarakat modern saat itu khususnya (dan sekarang umumnya).
Dalam hal ini, Gus Dur, tidak sekedar menggunakan produk-produk pemikiran Islam tradisional saja, tetapi lebih menekankan pada penggunaan metodologi teori hukum (ushul fiqih) dan akidah hukum dalam kerangka pembentukan suatu sintesis, untuk melahirkan gagasan baru sebagai upaya menjawab perubahan-perubahan aktual dimasyarakat.
