Di masjid ini juga terdapat pemakaman sultan dan keluarga yang terletak di serambi masjid. Di bagian serambi kiri, tepatnya utara masjid, terdapat makam Maulana Hasanuddin dan istri, Sultan Ageng Tirtayasa, dan Sultan Abu Nahr Abdul Qohhar. Sedangkan di serambi kanan terdapat makam Sultan Maulana Muhammad, Sultan Zainal dan lain-lain. Dengan adanya makam-makam sultan ini, masjid semakin banyak dikunjungi masyarakat.