PKB pimpinan KH Abdurrahman Wahid menggelar MLB di Ponpes Al-Asshriyyah, Parung, Kabupaten Bogor, pada 30 April sampai 1 Mei 2008.
MLB itu menghasilkan keputusan Gus Dur sebagai Ketua Umum Dewan Syuro PKB. Ali Masykur Musa menggantikan Muhaimin sebagai Ketua Umum Dewan Tanfidz, dan Yenny Wahid (anak sulung Gus Dur) tetap sebagai Sekjen.
Muhaimin tak mau kalah dengan menggelar MLB di Hotel Mercure Ancol pada 2 sampai 4 Mei 2008.
MLB itu menghasilkan keputusan Muhaimin sebagai Ketua Umum PKB. Sementara itu, dalam MLB kubu Muhaimin juga menetapkan KH Aziz Mansyur sebagai Ketua Dewan Syuro, dan Lukman Edy sebagai Sekjen.
Meski terjadi dualisme, tetapi PKB lolos sebagai salah satu partai peserta Pemilu 2009. Proses pendaftaran calon anggota legislatif (caleg) kedua kubu pun terpisah.
PKB Gus Dur menggelar pendaftaran caleg di kantor DPP PKB di Kalibata, Jakarta Selatan. Sedangkan PKB Muhaimin menggelar pendaftaran caleg di kantor Lembaga Pemenangan Pemilu PKB.
Konflik di tubuh PKB semakin meruncing. Pada Mei 2008, Muhaimin memecat Yenny Wahid dari posisi Sekjen PKB.
Alasannya adalah Yenny terbukti indisipliner dan mengancam keutuhan partai.
Kedua kubu lantas saling menggugat ke pengadilan. Namun, pada 19 Juli 2008, Mahkamah Agung memutuskan menolak permohonan kasasi PKB Gus Dur.
Dalam putusan kasasi bernomor 441/kasus kasasi/Pdt/2008 itu, MA memutuskan struktur kepengurusan PKB kembali ke hasil Muktamar Semarang 2005. Gus Dur tetap sebagai Ketua Umum Dewan Syura, dan Muhaimin Iskandar sebagai Ketua Umum Dewan Tanfidz.
Akan tetapi, PKB kubu Gus Dur akhirnya tersingkir. Pembelaan dan sanggahan Gus Imin berulang kali menyatakan dia tidak ingin membahas persoalan itu.
