Menanggapi hal tersebut, IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta membentuk sebuah tim untuk melakukan peninjauan di Salatiga. Setelah selesai dilakukan pembinaan, UIN Sunan Kalijaga kemudian menyerahkan pengawasannya kepada IAIN Walisongo Semarang dengan dijadikan sebagai Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Salatiga.
Selanjutnya pada tanggal 21 Maret 1997 berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997, status Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Salatiga berubah lagi menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAIN) Salatiga. “Dengan dikeluarkannya keputusan tersebut, secara formal STAIN Salatiga telah diakui menjadi salah satu perguruan tinggi di bawah Kementerian Agama. STAIN Salatiga juga berwenang untuk melaksanakan penyelenggaraan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam disiplin ilmu agama Islam dalam rumpun keilmuan yang utama di bawah Jurusan Tarbiyah saat itu,” kata Profesor Dr H Muh Saerozi,M.Ag, Wakil Rektor 1 UIN Salatiga.
Seiring berkembangnya waktu, STAIN Salatiga juga semakin berkomitmen untuk mengembangkan kualitas akademiknya menjadi lebih sempurna. Komitmen pihak pengelola dalam mengembangkan STAIN Salatiga dapat terjawab setelah dikeluarkannnya Perpres No. 143 Tahun 2014 yang mengubah status STAIN menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Salatiga. Dengan beralihnya status ini maka IAIN Salatiga mendapatkan kewenangan tambahan untuk menyelenggarakan pendidikan dengan sekelompok disiplin ilmu.
Setelah menjadi Institut, IAIN Salatiga kemudian mendirikan 5 fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Fakultas Syari’ah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, Fakultas Ushuludin, Adab dan Humaniora, serta Fakultas Dakwah. “Setelah perjuangan panjang untuk terus berkembang dan meningkatkan kualitasnya, akhirnya IAIN Salatiga berhasil mendapatkan status sebagai Universitas Negeri (UIN) Salatiga dengan dikeluarkannya Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 88 Tahun 2022 pada 8 Juni 2022,” jelas Prof Saerozi.
