Pada 8 Juli 2015, JYP Entertainment telah meminta maaf karena karena gagal mengomunikasikan proses seleksi dengan jelas. Pihak agensi juga menjelaskan bahwa syarat bagi kontestan “Sixteen” untuk dipilih sebagai anggota TWICE voting yang diberikan oleh penonton dan pemirsa.
“Menjelang episode terakhir, kami berpikir bahwa tujuh anggota yang dipilih secara resmi dapat meninggalkan sesuatu yang diinginkan. Jadi selain tujuh (member terpilih), kami memutuskan untuk menambahkan satu anggota yang dipilih sendiri oleh pemirsa (Tzuyu) dan satu anggota yang dipilih sendiri oleh Park Jin Young (Momo),” beber pihak agensi. JYP Entertainment mengatakan bahwa mereka dengan rendah hati menerima kritik karena tidak menyampaikan struktur tujuh tambah dua member dengan benar untuk line-up debut final
Selain itu, Tzuyu juga sempat terseret dalam kontroversi kala muncul sambil membawa bendera Taiwan di acara TV Korea Selatan pada akhir 2015. Awalnya, hal tersebut tampak wajar mengingat Tzuyu lahir dan besar di Taiwan. Sayangnya, aksi Tzuyu yang tampak sederhana tersebut dipandang sebagian orang sebagai tindakan politik. Sebagai informasi, Taiwan merupakan pulau yang memiliki pemerintahannya sendiri, namun tetap diklaim oleh China.
Imbasnya, warganet China sempat menuntut agar Tzuyu dan TWICE dilarang tampil di negara mereka. Tak lama kemudian, Tzuyu yang kala itu baru berusia 16 tahun pun membuat video permintaan maaf yang mengungkapkan “penyesalan mendalam”, kebanggaannya sebagai orang China, dan keyakinannya bahwa “hanya ada satu China”.
Permintaan maaf dari Tzuyu yang kala itu masih di bawah umur juga sempat memicu kehebohan hingga dikomentari langsung oleh Presiden Taiwan terpilih kala itu, Tsai Ing Wen. “Seorang performer yang sedang berkembang di Korea Selatan, seorang gadis berusia 16 tahun, diserang karena memegang bendera nasional. Ini telah membuat marah orang-orang Taiwan,” ujar Tsai Ing Wen.
Sementara itu, JYP Entertainment telah menjelaskan bahwa mereka tidak memaksa Tzuyu untuk merilis video permintaan maaf tersebut. Pihak agensi mengaku menunggu orangtua Tzuyu tiba di Korea dan mendiskusikan berbagai hal dengan sang idol. Setelah berdiskusi bersama, mereka akhirnya memutuskan untuk merilis pernyataan dari Tzuyu. Disimpulkan bahwa orangtua Tzuyu menginginkan kontroversi ini segera mereda dan mereka meminta agar banyak yang terus mendukung Tzuyu.
Meski sempat terseret kontroversi, TWICE pantang menyerah dan terus merilis karya-karya baru. Pada pertengahan 2022, TWICE bahkan sukses mematahkan “kutukan 7 tahun” kala semua membernya memperbarui kontrak dengan agensi. Melalui siaran pers, JYP Entertainment mengatakan bahwa kedua belah pihak telah memutuskan untuk melanjutkan kontrak “berdasarkan kepercayaan” dan “memperbarui kontrak mereka lebih awal”. Kontrak eksklusif para member akan berakhir pada musim gugur, tetapi mereka semua memilih untuk memperpanjang dan menandatangani kontrak terlebih dahulu.
