Semenjak dari asuhan KH. Ahmad Syua’ib (w. 1967 M) kemudian diteruskan oleh putra Beliau, KH. Abdurrochim Ahmad (w. 21 Romadlon 1422 H / 2001 M) hingga sekarang Pondok Pesantren MUS telah memiliki santri dengan jumlah 1.200 (terdiri dari 800santri putra dan 400 santri putri) . Saat ini Pondok Pesantren MUS telah memasuki generasi ketiga di bawah asuhan KH. M. Sa’id Abdurrochim dibantu oleh KH. M. Adib Abdurrochim dan KH. M. Ahdal Abdurrochim. Seiring dengan berjalannya waktu, Pondok Pesantren MUS terus mengalami perkembangan.
Tidak hanya santri dari kalangan remaja dan dewasa, santri anak-anakpun banyak menuntut ilmu di dalamnya. Untuk menjaga kwalitas belajar para santri, khususnya santri dari kalangan anak-anak. Karena pada usia seperti mereka diperlukan pendidikan dan pengajaran serta penanganan khusus. Untuk merealisasikan hal tersebut, maka pada akhir tahun 2007 dibangunlah Pondok Pesantren baru khusus anak- anak yang diberi nama Ma’had Tarbiyatul Athfal.
Dimana Pondok Pesantren ini masih berada dibawah naungan Pondok Pesantren Ma’hadul ‘Ulum Asy-Syari’yyah (MUS). Pembangunan Ma’had Tarbiyatul Athfal ini dibiayai oleh sumbangan tidak mengikat yang bersumber dari alumni dan para dermawan. Keadaan Masyarakat Sekitar Pesantren Stabilitas ekonomi masyarakat Sekitar Pondok Pesantren MUS, mayoritas penduduknya bermatapencaharian sebagai nelayan, sesuai dengan letak geografisnya yang berada di tepi laut, hanya sebagian kecil saja yang bercocok tanam dan berniaga.
