Metode pengajarannya, setiap santri wajib setor hafalan (ziyadah), murajaah kepada semua pengasuh. Pembelajaran tajwid berupa teori dan praktek. Diajarkan pula tahsin tilawah, berupa pembacaan Al-Qur’an dengan indah dan menarik.
Para pengelola dan pengampu Pesantren, Dewan Pensihat terdiri Dr KH Ahmad Darodji, MSi, KH. M. Ulin Nuha Arwani Al-Hafidz, KH Ulil Albab Arwani Al-Hafidz, Prof Dr KH Noor Achmad, MA. Pengasuh hafalan Al-Qur’an, terdiri para Imam MAJT. Antara lain KH. Ulil Abshor Al-Hafidz, KH Zaenuri Ahmad Al-Hafidz (dan KH Abdul Faqih Al-Hafidz, ketiganya bereputasi sebagai juara 1 Musabaqoh Hafidz Quran 30 juz tingkat internasional, di tahun berbeda.
Sejumlah kiai sepuh juga disiapkan untuk mengampu pendalaman kitab kuning, seperti KH Dzikron Abdillah, KH Harus Shodaqoh, KH Hanief Ismail, Lc dan KH Shodiq Hamzah, KH Achmad Hadlor Ikhsan, KH Muhyiddin dan lainnya. (Isi).
