Dia ditunjuk sebagai pelatih kepala tim tersebut pada tahun 2009. Di tahun 2011, dirinya berhasil meraih gelar perdana sebagai pelatih kepala di Copa São Paulo.
Setelahnya, ia kembali ke Jepang dengan menjadi asisten pelatih Gamba Osaka pada tahun 2012. Setelah dari Gamba, Wagner melanglang buana ke berbagai tim di Brasil hingga akhirnya menjadi pelatih kepala PSS.
Capaian tertinggi Wagner sebagai pelatih terwujud pada tahun 2019 saat memimpin klub Brasil, Atletico-GO. Dia berhasil membawa klub tersebut juara Campeonato Goiano dengan catatan dalam 56 pertandingan meraih 31 kemenangan, 16 imbang, dan 9 kali kalah.
Jajaran Kepelatihan Tim PSS Musim 2024/25 :
Pelatih Kepala: Wagner Augusto Lopes
Asisten Pelatih: Ansyari Lubis
Pelatih Fisik: William Schmidt
Pelatih Kiper: Andre Croda Borges
Asisten Pelatih Kiper: Amiruddin
Pelatih Analis: Antonio Gabriel Silva Silvera
