Di bawah asuhan KH. Ma’mun, Pesantren Balekambang mengalami perkembangan pesat dengan mulai mengadopsi sistem pendidikan modern. Pesantren Balekambang mulai membuka Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) pada tahun 2003, yaitu Jurusan Elektronika. Mulai tahun 2007 SMK Balekambang diperbesar dengan membuka dua jurusan lagi, yaitu Mekanik dan Tata Busana. Selain itu Pesantren Balekambang juga membuka Madrasah Tsanawiyah yang dilengkapi dengan fasilitas boarding dan pendidikan ketrampilan. Pada tahun 2010 membuka SMK jurusan Teknik komputer dan jaringan serta membuka Madrasah Aliyah dan pada tahun 2013 SMK membuka jurusan Animasi dan Tata Boga.
Selain itu pada tahun 2017, Pondok Pesantren Balekambang juga mendirikan Ma’had Aly (S1) dengan Program Studi Hadits dan Ilmu Hadits. Satu tahun kemudian, Pondok Pesantren Balekambang juga menerima SK dari Kemristekdikti, yaitu SK Ijin Operasional Politeknik Balekambang Jepara. Adapun Program studinya antara lain D4-Rekayasa Perangkat Lunak, D4-Administrasi Bisnis Internasional, dan D4-Akuntansi Keuangan Publik.
Yang menjadi ciri khas Pondok Pesantren Roudlotul Mubtadiin Balekambang adalah semua Peserta Didik / Santri wajib berasrama di Pondok Pesantren (Mondok). Khusus untuk Politeknik bisa memilih Mondok ataupun Laju.
