Dengan sifat nya islam mudah diterima di nusantara yakni tidak merubah , tidak memaksa dan tidak menghilangkan adat atau budaya yang ada dinusantara. Pondok pesantren juga bersifat inklusif, terbuka, modernitas dan ramah dengan adanya tradisi lokal yang berada di nusantara. Selain sebagai lembaga pendidikan agama islam , pondok pesantren juga berperan sebagai lembaga sosial. Misalnya, pondok pesantren yang mengasuh anak-anak yatim dan menyantuni kaum lemah.
Masa Kolonialisasi
Dulu ketika masa pemerintahan kolonial belanda yang berkuasa di indonesia, tidak mampu mengatasi tumbuh kembangnya pesantren dan madrasah sebagai suatu lembaga pendidikan yang dibangun dan dibentuk oleh masyarakat islam. Meskipun pemerintahan belanda menerapkan kebijakan deskriminitif dan refresi terhadap pondok pesantren akan tetapi tidak membuat pondok pesantren terhenti.
Setelah negara indonesia dinyatakan sudah merdeka, pendidikan agama mulai mendapatkan perhatian serius dari pemerintah, baik negeri maupun swasta.
Pondok pesantren pada masa orde baru dan sekarang Pondok pesantren pada masa ini, seakan-akan tenggelam eksistensinya dikarenakan berubahnya kebijakan-kebijakan pemerintah yang kurang berpihak kepada pesantren.
Dengan sebuah titik harapan , pondok pesantren mulai berbenah kembali dan memeliki letak di kalangan pergaulan nasional.
