Manuskrip Al-Qur’an
Pengunjung semakin dibuat berdecak kagum lantaran di dalam rak lemari kaca masjid ini tersimpan manuskrip kuno mushaf Al-Qur’an. Menurut catatan sejarah, mushaf kuno itu selesai ditulis Muhammad Arikulapessy pada tahun 1550. “Al-Qur’an tersebut ditulis oleh Imam Muhammad Arikulapessy menggunakan tinta dari campuran getah pohon dan pena urat enau. Konon mushaf Al-Qur’an ini termasuk tertua di negeri ini,” ungkap tetua adat masyarakat setempat.
Mushaf Al-Qur’an yang konon termasuk tertua di Indonesia itu dibuat tanpa iluminasi hiasan pinggiran halaman. Mushaf lainnya adalah Mushaf Nur Cahya yang selesai ditulis 1590 juga tanpa hiasan pinggir dan ditulis tangan pada kertas buatan Eropa.
Menurut tetua adat setempat, kedua penulis mushaf tersebut adalah imam-imam Masjid Wapaue. Imam Muhammad Arikulapessy adalah imam pertama, sementara Imam Nur Cahya adalah cucunya.
Selain Al-Quran, karya Imam Nur Cahya lainnya adalah tulisan tangan yang memuat seluruh isi Kitab maulid al-Barzanzi sebagaimana ditulis Imam Ja’far bin Hasan al-Barzanji, penulis kitab termasyhur berisi puji-pujian kepada Nabi Muhammad saw tersebut.
Di dalam Masjid Wapaue juga menyimpan timbangan zakat fitrah yang terbuat dari kayu dengan pemberat dari kerang laut. Timbangan tersebut dilengkapi dengan anak timbangan seberat 2,5 kilogram yang terbuat dari campuran batu dan kapur. Di masa lampau, satu anak timbangan sama dengan satu zakat.
Masjid Wapaue terletak di daerah penuh artefak sejarah. Sekira 150 meter dari masjid ke arah utara, persisnya di tepi jalan raya, terdapat gereja tua yang merupakan peninggalan Portugis dan Belanda yang hancur lantaran konflik bernuansa SARA di Ambon pada 1999 silam.