Keunikan arsitektur Masjid Wapaue menjadi daya tarik tersendiri. Meskipun masjid ini berkali-kali direnovasi, namun bentuk aslinya tetap dipertahankan. Masyarakat bersepakat untuk tidak mengubahnya sedikit pun. Masjid dibangun dengan kayu dengan luas 10 x 10 meter. Salah satu ciri khas bangunannya adalah menggunakan gaba-gaba atau pelepah sagu serta rumbai sebagai atapnya.
Di bagian dalam Masjid Wapaue, ada empat tiang yang merupakan pilar asli sejak awal dibangun. Dindingnya terbuat dari papan dan batang daun sagu yang ditopang dengan 12 buah tiang.
Keunikan lainnya terdapat pada struktur bangunan yang terlihat miring dari samping. Kemiringan tersebut terlihat pada bagian kubah yang tidak simetris dengan bentuk masjid. Arsitektur Masjid Wapaue dibuat dari kayu tanpa menggunakan paku. Kondisi ini membuat bangunan masjid mudah dilepas pasang.
Manuskrip Al-Qur’an
Pengunjung semakin dibuat berdecak kagum lantaran di dalam rak lemari kaca masjid ini tersimpan manuskrip kuno mushaf Al-Qur’an. Menurut catatan sejarah, mushaf kuno itu selesai ditulis Muhammad Arikulapessy pada tahun 1550. “Al-Qur’an tersebut ditulis oleh Imam Muhammad Arikulapessy menggunakan tinta dari campuran getah pohon dan pena urat enau. Konon mushaf Al-Qur’an ini termasuk tertua di negeri ini,” ungkap tetua adat masyarakat setempat.
Mushaf Al-Qur’an yang konon termasuk tertua di Indonesia itu dibuat tanpa iluminasi hiasan pinggiran halaman. Mushaf lainnya adalah Mushaf Nur Cahya yang selesai ditulis 1590 juga tanpa hiasan pinggir dan ditulis tangan pada kertas buatan Eropa.
Menurut tetua adat setempat, kedua penulis mushaf tersebut adalah imam-imam Masjid Wapaue. Imam Muhammad Arikulapessy adalah imam pertama, sementara Imam Nur Cahya adalah cucunya.
Selain Al-Quran, karya Imam Nur Cahya lainnya adalah tulisan tangan yang memuat seluruh isi Kitab maulid al-Barzanzi sebagaimana ditulis Imam Ja’far bin Hasan al-Barzanji, penulis kitab termasyhur berisi puji-pujian kepada Nabi Muhammad saw tersebut.
Di dalam Masjid Wapaue juga menyimpan timbangan zakat fitrah yang terbuat dari kayu dengan pemberat dari kerang laut. Timbangan tersebut dilengkapi dengan anak timbangan seberat 2,5 kilogram yang terbuat dari campuran batu dan kapur. Di masa lampau, satu anak timbangan sama dengan satu zakat.
Masjid Wapaue terletak di daerah penuh artefak sejarah. Sekira 150 meter dari masjid ke arah utara, persisnya di tepi jalan raya, terdapat gereja tua yang merupakan peninggalan Portugis dan Belanda yang hancur lantaran konflik bernuansa SARA di Ambon pada 1999 silam.
