Mahfud kemudian berkarier sebagai hakim konstitusi di Mahkamah Konstitusi (MK). Dia lantas terpilih sebagai Ketua MK meripde 2008-2013.
Setelah itu Mahfud dilantik menjadi Anggota Dewan Pengarah Unit Kerja Presiden Pembinaan Ideologi Pancasila (2017–2018) dan Anggota Dewan Pengarah Badan Pembinaan Ideologi Pancasila (2018). (Mg 05)