Atas hal itu, Waryono berharap dunia pesantren ke depan lebih terbuka dalam menyikapi persoalan-persoalan yang berkenaan dengan hukum. Menurutnya, saat ini tidak boleh ada yang tertutup. “Kita masyarakat terbuka. Serapat apa pun persoalan ditutupi, pada saatnya akan terungkap,” pesannya.
Waryono juga berpesan kepada para orang tua santri untuk memahami lebih detail profil pesantren berikut aturan-aturan yang diberlakukan di dalamnya. Dari awal, pesantren umumnya membuka diri kepada siapapun yang mau belajar. Pesantren juga sampaikan aturan mainnya. “Jika orang tua dan santri bersedia silakan, jika tidak ya jangan dipaksakan. Pesantren adalah lembaga pendidikan, tentu menginginkan yang terbaik untuk para santrinya,” tutur Waryono.
Kemenag, lanjutnya, juga akan terus melakukan evaluasi. Kekosongan regulasi akan segera dilengkapi, baik dalam rangka penguatan rekognisi, afirmasi, dan fasilitasi, maupun dalam upaya pencegahan dini terulangnya tindak kekerasan oleh oknum di dalamnya.
“Terpenting kita semua tahu bahwa pesantren kontribusinya ke negara luar biasa, bahkan sejak sebelum kemerdekaan,” tandasnya.