Selain itu, SE ini juga menjelaskan pengetatan protokol kesehatan perjalanan yang perlu dilakukan berupa menghindari kerumunan, serta mencuci tangan dengan sabun atau menggunakan handsanitizer.
Jenis masker yang digunakan oleh pelaku perjalanan adalah masker kain 3 lapis atau masker medis. Pelaku perjalanan tidak diperkenankan untuk berbicara satu arah maupun dua arah melalui telepon ataupun secara langsung sepanjang perjalanan dengan moda transportasi umum darat, perkeretaapian, laut, sungai, danau, penyeberangan, dan udara.
Menggunaan masker wajib dilakukan dengan benar menutupi hidung dan mulut.
Serta tidak diperkenankan untuk makan dan minum sepanjang perjalanan penerbangan bagi perjalanan yang kurang dari 2 jam, terkecuali bagi individu yang wajib mengkonsumsi obat dalam rangka pengobatan yang jika tidak dilakukan dapat membahayakan keselamatan dan kesehatan orang tersebut.
pelaku perjalanan domestik yang menggunakan mobil pribadi, sepeda motor dan transportasi umum jarak jauh (pesawat udara, bis, kapal laut
dan kereta api) harus:
1) menunjukkan kartu vaksin (minimal vaksinasi dosis pertama);
2) menunjukkan PCR (H-2) untuk pesawat udara serta Antigen (H-1) untuk moda transportasi mobil pribadi, sepeda motor, bis, kereta api dan kapal laut;
3) untuk sopir kendaraan logistik dan transportasi barang lainnya berlaku sebagai berikut:
a) untuk sopir yang sudah divaksin 2 (dua) kali dapat menggunakan antigen yang berlaku selama 14 (empat belas) hari untuk melakukan perjalanan domestik;
b) untuk sopir yang baru divaksin 1 kali, antigen akan berlaku selama 7 (tujuh) hari; dan
c) untuk sopir yang belum divaksin, harus melakukan antigen yang berlaku selama 1x 24 jam.