Pada saat pecah Perang Sipil (49-45 SM), dia bersekutu dengan Pompey melawan Julius Caesar. Pasukan Pompey akhirnya kalah melawan pasukan Julius Caesar dan terbunuh di pelariannya, Brutus menyerah kepada Caesar. Brutus tidak hanya diampuni, bahkan dijadikan sahabat dekat Caesar dan orang kepercayaannya.
Melalui Caesar, Brutus mendapatkan jabatan tinggi. Caesar mengangkatnya sebagai Gubernur untuk wilayah Cisalpine Gaul (sekarang Italia Utara). Dia juga diangkat menjadi salah seorang anggota pendeta senior. Kekuasaan Brutus semakin tinggi berkat jabatannya sebagai Praetor (Hakim Tinggi). Caesar juga mengangkatnya sebagai konsul, salah satu dari jabatan tertinggi dalam tata pemerintahan Romawi Kuno.
Segala pangkat dan jabatan Brutus ini tidak mungkin didapatkan jika bukan karena kebaikan seorang Julius Caesar. Karena itu, betapa kagetnya Caesar ketika sahabat baiknya, orang kepercayaannya yang sudah dianggap seperti saudara sendiri, justru ikut berkomplot mengkhianatinya.
Di awal tahun 44 SM, para senator tengah berkonspirasi untuk membunuh Caesar. Brutus ikut, bahkan menjadi konspirator aktif, dalam rencana pembunuhan sahabat baiknya itu. Pada 15 Maret 44 SM, Brutus bersama para senator lain membunuh Julius Caesar dengan menikamnya saat Caesar hadir ke sebuah rapat atas undangan para senator.
Mengetahui bahwa Brutus adalah salah satu penikamnya, Caesar seakan tak percaya. Politisi bau kencur yang diampuninya dan diangkatnya ke dalam posisi politik terhormat itu mengkhianatinya. Bahkan turut menikamkan pisaunya. Oh gosh!
“Et tu, Brute?” Itulah kalimat terakhir Caesar sebelum roboh dengan tiga puluh lima tikaman pisau di sekujur tubuhnya. Kalimat itu menjadi kalimat yang sangat terkenal dalam sejarah politik yang diucapkan seorang pimpinan politik sebelum kematiannya.
